ビフィズス菌は1899年、フランス・パスツール研究所のティッシェー博士が健康な赤ちゃんの腸内から発見した菌で、Y型に分岐した形から、ラテン語で“分岐”を意味する“ビフィズス” (bifidus)と命名されました。人間の腸内にすむ健康のためによい働きをする菌（善玉菌）の代表格が「ビフィズス」です。ビフィズス菌は、増殖する際にY字型やV字型の木の枝のような形に分岐する場合があることが最大の特徴です。

また、酸素（空気）を嫌うことも特徴のひとつです。一般の乳酸菌は酸素の有無にかかわらず増殖するのに対し、ビフィズス菌は酸素があると増殖できません。

また、一般の乳酸菌は糖を分解して乳酸をつくりますが、ビフィズス菌は乳酸のほかに、酢酸をつくります。酢酸は殺菌力が強く、ビフィズス菌の大きな特徴といえます。