大腸菌やブドウ球菌、ピロリ菌などの病原菌や腐敗菌、いわゆる悪玉菌は、増殖する際に鉄を必要とします。ラクトフェリンは悪玉菌から鉄を奪いとり、生育を抑制します。一方、整腸作用で知られている善玉菌のビフィズス菌にたいしては増殖を助ける働きがあります。